A presença de pragas e doenças que ameaçam o desenvolvimento do tomate faz com que os pés da fruta sejam alvo de grande volume de defensivos agrícolas nos cultivos convencionais. Porém, o sistema orgânico permite realizar preparo do solo, plantio, condução da planta, controle de pragas e doenças, frutificação, colheita e beneficiamento sem maiores problemas, desde que o produtor esteja bem orientado.
A produção de tomate em sistemas convencionais normalmente é feita com aplicação sistemática de agrotóxicos (inseticidas, acaricidas, fungicidas, bactericidas) para controle de um grande número de pragas e doenças que atacam a cultura. O SENAR em Parceria com Sindicato Rural e Chácara São Francisco e apoio da prefeitura municipal através da secretaria de meio ambiente realizou o Programa Tomate orgânico de Março a Agosto de 2018, trazendo aos participantes como os aspectos influenciam o solo para uma boa fertilidade e produção. é o enriquecimento do solo com matéria orgânica, seja por meio de aplicação de compostos orgânicos ou adubos verdes. Práticas que levam à diversificação do sistema, como rotação com outras culturas, uso de cercas vivas, manutenção de cobertura morta no solo e cultivo de outras espécies também são práticas importantes para o manejo orgânico do tomateiro